| 科室 | 复旦专科榜排名(年份) | 国家重点学科(年份) | 国家临床重点专科(年份) | 省重点专科(年份) | 市重点专科(年份) | 院优势专科 | 挂靠中心/实验室资质 | |
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| 感染病中心（感染病学） | 传染感染科 复旦华南区前五（2021）；全国未进前十 | 否 | 国家临床重点专科（感染病学） | 官方未统一披露 | 广州市临床重点专科（传染科/病毒性传染病） | 是 | 国家感染性疾病临床医学研究中心核心单位、国家病毒资源库共建单位、广东省艾滋病丙肝诊疗质控中心 | |
| 肝病中心（中医肝病科） | 官方未统一披露 | 否 | 国家中医重点专科（中医/肝病科） | 广东省临床重点专科（中医科） | 广州市临床重点专科（中医肝病科） | 是 | 国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室、广州市肝病医院依托 | |
| 中医科（中西医结合） | 官方未统一披露 | 否 | 否 | 广东省临床重点专科 | 官方未统一披露 | 是 | 国家中医药管理局中医药防治传染病临床基地 | |
| 重症医学科 | 官方未统一披露 | 否 | 否 | 官方未统一披露 | 官方未统一披露 | 院级培育专科 | 是 | |
| 心血管内科 | 官方未统一披露 | 否 | 否 | 官方未统一披露 | 官方未统一披露 | 院级培育专科 | 是 | |
| 呼吸内科 | 官方未统一披露 | 否 | 否 | 官方未统一披露 | 官方未统一披露 | 是 | 新突发呼吸道传染病诊治支撑科室 | |
| 消化内科 | 官方未统一披露 | 否 | 否 | 官方未统一披露 | 官方未统一披露 | 是 | GCP 消化内科专业组（肝衰竭/肝昏迷等） | |
| 神经内科 | 官方未统一披露 | 否 | 否 | 官方未统一披露 | 官方未统一披露 | 是 | GCP 神经内科专业组 | |
| 内分泌科 | 官方未统一披露 | 否 | 否 | 官方未统一披露 | 官方未统一披露 | 是 | GCP 内分泌专业组 | |
| 妇科 | 官方未统一披露 | 否 | 否 | 官方未统一披露 | 官方未统一披露 | 院级培育专科 | 是 | |
| 急诊科 | 官方未统一披露 | 否 | 否 | 官方未统一披露 | 官方未统一披露 | 是 | 传染病应急救治、院前急救 | |
| 检验科（医学检验） | 官方未统一披露 | 否 | 否 | 官方未统一披露 | 官方未统一披露 | 是 | 国家高等级生物安全实验室（P3）、临床生物样本资源库（40 余万份） |
口径说明：①「国家临床重点专科（感染病学）」为已建成国家级专科；「国家中医重点专科（中医/肝病科）」为国家中医药管理局口径。②省/市重点专科具体批次年份官方未统一披露，均标注「官方未统一披露」，不作编造。③复旦排名为专科声誉榜，本院传染感染科为复旦华南区前五（2021），全国综合榜未列前十，具体以复旦版当年发布为准。④院优势专科中「培育专科」为医院官网/招聘简章公布的院级培育与潜力专科口径。
